Tras la secuencia de inicio, veremos que Aloy cae en una cueva mientras pasea con Rost.
Misión 1 – Un regalo del pasado
Tenemos que avanzar por la cueva (un camino muy sencillo) hasta llegar a unas escaleras, continuamos y encontraremos un cuerpo con un extraño dispositivo en la cabeza. Al examinarlo encontramos el Foco, una herramienta que nos sirve para escanear el contorno y a los enemigos pulsando 
.
Una vez que lo tengamos tenemos que regresar, pero la puerta esta cerrada, si avanzamos por la zona de la derecha al subir desde las escaleras dondo hemos encontrado el dispositivo, veremos en la pared una Cerradura Holográfica que podemos girar hacia la izquierda 2 veces para desbloquear la puerta y continuar.
Ahora solo tenemos que avanzar hasta que salte una secuencia donde Rost nos encuentra y salimos de la cueva. Antes de salir, podemos recoger varios datos escaneando cuerpos y las zonas indicadas usando el Foco, en el HUD nos sale prácticamente todo, veremos arriba en la brújula que nos salen iconos con forma de caja donde podamos recoger algo.
Misión 2 – Lecciones de la naturaleza
Ahora Rost nos va a enseñar a curarnos y llenar nuestra bolsa de medicinas, es un tutorial, tenemos que recoger Bayas Medicinales de los Arbustos medicinales, veremos que por la zona tenemos otros recursos que recoger, como Ascuas Salvajes y Madera de Risco. Cuando tengamos la cantidad necesaria de Bayas, Rost nos enseñará que pulsando 
en la cruceta nos curamos, (a medida que baja la barra verde, que son nuestras bayas, aumenta nuestra barra roja, la salud). Con esto aprendido seguimos a Rost.
Ahora toca aprender a ser sigilosos, conocemos a las primeras máquinas, los Vigías, estas máquinas rastrean, así que tenemos que camuflarnos entre los hierbas altas pulsando 
y evitar que nos vean, en total tenemos que sortear a 3 de estas máquinas, también nos enseñan que el indicador del ojo que vemos arriba señala si estamos visibles en función de lo abierto que este y si esta cerrado no nos ven, a su vez las líneas que salen a los lados del ojo indican el ruido que hacemos al caminar.
Continuamos tras pasar a los Vigías, vemos una secuencia con un extraño chico que escala, lo siguiente es aprender a usar las piedras para despistar a las máquinas, hay que recoger tres piedras y tirar una cerca de la posición de Rost para que un Vigía se acerque hasta él y lo mate por sorpresa, las piedras las utilizamos pulsando 
en la cruceta, al soltarlo tiraremos la piedra. Registrando el cádaver conseguiremos Esquirlas Metálicas y aprenderemos a fabricar flechas.
Nuestro siguiente objetivo es acabar con un Galopador, otra máquina que esta en la zona, están son mas torpes que los Vigías, pero son mas robustas y hacen más daño con sus coces. Usando el Foco podemos analizar a los enemigos para ver sus debilidades, en este caso el ojo y el depósito que tienen en el lomo, será fácil abatir uno para cumplir el objetivo.
Veremos una secuencia en la que el chico que vimos antes, cae al suelo en una zona llena de Vigías y de Galopadores, Rost nos advierte que es prácticamente imposible salvarle pero Aloy se empeña en ello, hay que llegar hasta su posición sin ser vistos, si nos atacan moriremos, ahora descubrimos que usando el Foco podemos ver las rutas que van a seguir los Vigías y otras máquinas, esto nos será de gran utilidad para evitarlos. Por la derecha podemos aprovechar para llegar hasta unos árboles y rodear la zona donde esta el chico para llegar sin problemas.
Al rescatarle y tras la secuencia la misión concluirá, vemos que un niño nos tira una piedra, aquí nos dan la opción de elegir entre varias opciones, marcadas con un Cerebro (elecciones razonadas), un Puño (elecciones agresivas) y un Corazón (elecciones compasivas), las elecciones nos influyen en el juego, sólo algunos diálogos posteriores.
Misión 3 – La Punta de Lanza
Tras la secuencia, Aloy será mayor, Rost nos ha preparado durante años para pasar la prueba del pueblo Nora. Al salir de la cabaña, Rost no esta, hay que buscarle, a partir de aquí ya podemos acceder al mapa, consultar el inventario y misiones pulsando el panel táctil del mando. Nos dirigimos a la posición donde veremos a Rost sobre una roca, al hablar con él nos encomienda varias tareas, Comerciar con Karst para conseguir una Aturdidora y crear flechas ígneas. En el mapa veremos marcados ambos objetivos.
Crear Flechas Igneas
Para este objetivo tenemos que acabar con Galopadores y recoger Lumbre de sus cuerpos, tenemos que reunir 3 unidades de este recurso, nos vamos a la zona marcada con el símbolo de los Galapadores, donde encontraremos una manada, aparte de estas máquinas, por la zona podemos encontrarnos con Vigías y Chatarreros (como lobos), también deberíamos ir recogiendo todo lo que vayamos encontrando. Una vez que tengamos 3 unidades de Lumbre, podemos crear las flechas ígneas, también necesitamos Madera de Risco x2 y Esquirlas Metálicas x5.
Comprar Aturdidora
Nos dirigimos hasta la tienda de Karst, al Sur, allí encontraremos a este simpático comerciante que nos da una Aturdidora, un nuevo arma. La Aturdidora coloca trampas eléctricas para que las máquinas caigan en ellas, simplemente disparamos a un punto y luego a otro para colocar la cuerda eléctrica.
Reúnete con Rost
Tras cumplir ambos objetivos nos reunimos con Rost en su posición, tiene algo que enseñarnos cuando sea de noche y nos invita a descansar, en la hoguera podemos grabar la partida y según lo hagamos continua la misión. Bien avanzamos con él por la noche hasta una zona donde hay un nuevo enemigo que esta causando estragos, un Dientes Serrados, esta máquina es más peligrosa que las que nos hemos encontrado hasta ahora, mucho cuidado si nos localiza, acabará con nosotros rápidamente, gracias a la Aturdidora podremos tenderle una trampa conociendo su ruta, si explota la aturdidora le dejaremos en el suelo un rato para poder golpearle con la lanza, otro punto débil es el depósito del pecho con flechas incendiarias, cuando acabemos con el concluye la misión.
Misión 4 – Corazón de Madre
Tras la secuencia, entramos en Corazón de Madre la víspera de la prueba, Teersa, la anciana que nos bendijo en la introducción del juego nos dice que un viejo amigo nos esta esperando, acudimos hasta el punto para encontrarnos con Teb, el chico al que ayudamos siendo una niña y nos regala el Traje "Valiente Nora".
Ahora simplemente tenemos que ir yendo a los objetivos que nos piden, la Logia de las Matriarcas donde conoceremos a Olin, un hombre con un Foco como el nuestro, luego a la Ceremonia de Bendición y mas tarde a la la Logia de Cazadores para dormir y enfrentar la prueba descansados, dentro conoceremos a Vala y a Bast el niño rubio que nos tiro la piedra a la cabeza al comienzo del juego. En cuanto nos metamos en la cama la misión concluye.
Misión 5 – La Prueba
Al levantarnos directamente nos dirigimos a la zona de la prueba, tras la secuencia nuestro objetivo es matar a un Pastador, máquinas que vienen corriendo por la izquierda y saquear su cádaver para conseguir el trofeo de caza, pero al levantarlo, Bast lo destruye con su arco y debemos conseguir otro.
Una vez hecho, tenemos que recuperar terreno, y aventurarnos por una ruta abandonada, sólo hay que seguir el camino para acabar llegando los primeros y ganar la prueba, las plataformas son prácticamente automáticas y es bastante díficil caerse.
Al llegar al final la Juez nos nombra campeones de la prueba, un grupo de enemigos comienza a abrir fuego sobre nosotros y los compañeros, desde las alturas, tenemos que acabar con ellos. Son 3 oleadas, hay arqueros situados en posiciones elevadas, en la segunda también hay enemigos que bajan armados con garrotes y en la tercera el que parece su líder lleva un arma llamada Portador de Muerte, mucho cuidado no nos alcance con ella, cuando le matemos podemos cogerla para acabar con los restantes. Al acabar el combate, un extraño personaje aparece y salta una secuencia donde termina la misión.
Misión 6 – La Matriz de la Montaña
Al comenzar la misión nos encontramos en el interior de la Montaña Sagrada, una cueva en la que la tribu de los Nora se refugian de los ataques, lo primero que tenemos que hacer es recuperar nuestro equipo y el Foco dañado, donde saltará una secuencia.
Tras esto aparecerá la Madre Teersa y tenemos que seguirla hasta la Cámara Sagrada donde se nos revelará algo más de nuestro pasado. Una vez acabe debemos seguir a Teersa a la reunión con las demás Matriarcas, donde nos nombraran Buscadora para explorar el mundo reuniéndonos con Varl en la Puerta que lleva a las tierras más alla de la zona de los Nora, pero antes debemos salir del poblado hablando con Resh el cacique local.
Al llegar tras la secuencia con Resh veremos una nueva máquina un corruptor, que mediante un dispositivo consigue dominar a varios Galapodores de la zona e inician un ataque contra la puerta. Rápidamente estarán en el interior, además tenemos compañeros que nos ayudan en este combate, el principal enemigo es el Corruptor, simplemente hay que esquivar sus ataques en salto rodando y cuidado con las peidras que nos lanza con su tentáculo metálico, una buena opción para matarla es colocarnos entre sus piernas y realizar ataques fuertes con la lanza, acabaremos con él rápidamente, si le escaneamos veremos que tiene puntos débiles en ambas torretas al lado de su cabeza, su debilidad es el calor. En cuanto acabemos con él hay que recoger su dispositivo para piratear a las máquinas y concluye el capítulo.
Tras coger el dispositivo del Corruptor podemos sabotear a las siguientes máquinas :
- Galopador
- Astado
- Embestidor
- Cuellilargo
- Vigía
Misión 7 – Buscadora a las Puertas
Esta misión comienza automáticamente tras completar la misión principal anterior. Sal de Ojos de madre y ve hacia el área que te indican en busca de Galopadores para probar el Saboteador en uno de ellos. Para sabotear a uno tenemos que acercarnos a ellos con sigilo y cuando estemos cerca de uno tenemos que mantener pulsado 
y ya lo tendremos.
Avanzamos hasta la puerta marcada, allí nos encontraremos con Varl, que nos pide que tratemos de encontrar a Sora su madre y anterior Cacique, aquí podemos iniciar la misión 7, "El rastro de la cacique", pero antes mejor continuamos con el objetivo de la misión que es ir a hablar con Marea en Corona Madre.
Durante el camino nos encontraremos con Cren, marcado con una interrogación verde de Misión, al hablar con él desbloquearemos un nuevo tipo de misión "Las pruebas de Caza", igualmente al avanzar llegaremos a otra zona, donde desbloquearemos otro tipo de misiones, las "Zonas Corrompidas", ambas son nuevas actividades que podemos consultar el la pestaña misiones del Menú.
Seguimos nuestro camino hasta llegar a la posición de Marea, al hablar con ella nos pide que limpiemos 1 zona corrompida, en esta zoan se nos abren varias misiones secundarias. Nos dirigimos al lugar y acabamos con ellos, no tendremos demasiados problemas usando el sigilo y disparando certeramente. Ahora hay que dirigirse hacia el fuerte de la frontera Carja, pero al llegar un Corruptor esta sembrando estragos, acabamos con él y las demás máquinas para que nos dejen entrar y conluir la misión.
Misión 8 – El rastro de la cacique
Lo primero es ir a investigar la zona de la masacre para saber que ocurriío con Sona y los Valientes en la emboscada, al llegar la zona tenemos que investigar un Vigía y un Corruptor destruídos, al poco también parecerá un superviviente, Dren, que Sona envio para informar.
Nos dirigimos hacia la última posición conocida de Sona gracias a Dren, por el camino encontraremos un Cuellilargo, estos máquinas son enormes y no podemos acabar con ellas, pero podemos subir hasta arriba y saboterlas para que nos revelen todas las posiciones del mapa que cubren, simplemente nos subimos a lo alto de los edificios y saltamos sobre su espalda cuando pase cerca. Tras sabotearlo avanzamos a la posición marcada en la misión y tendremos que inspeccionar una hoguera, un arco, puntas de flecha y unas vendas, ahora hay que marcar las huellas para seguir el rastro.
Llegaremos hasta la posición de Sona y hay que atacar un asentamiento de sectarios y máquinas corrompidas, el sigilo será nuestro mayor aliado, además en cuanto nos vean Sona y sus compañeros iniciarán un ataque, pero prácticamente puedes matar a todos con sigilo y paciencia. Cuando acabemos con ellos usando el Foco harallemos otro rastro que nos lleva hasta un archivo de sonido, cuando le comuniquemos el contenido a los demás concluye a misión.